En 1888, la publication de L'Immortel, roman satirique attaquant violemment l'Institut, fit beaucoup de bruit dans le monde littéraire. Alphonse Daudet avait déjà affirmé son refus de se présenter à l'Académie depuis sa lettre ouverte au Figaro en novembre 1884. La parution de L'Immortel appuie cette déclaration. Le récit connaît un grand succès en raison du scandale qu'il a provoqué. Dans la presse, les articles se succèdent opposant les académiciens aux adversaires de l'institution. Quant à Daudet, il affirmera toujours son indépendance.

Le 5 août 1897, la première chambre du Tribunal civil de la Seine déboute les héritiers naturels de Goncourt de leur demande d'annuler le testament d'Edmond de Goncourt.
La famille fera appel et il faudra attendre la décision du 19 mars 1900 pour que l'Académie Goncourt puisse véritablement se constituer. Toutefois, cette première victoire amène déjà Alphonse Daudet en tant qu'exécuteur testamentaire à s'exprimer publiquement et à prendre un certain nombre de décisions : il veut réunir le plus vite possible les huit académiciens figurant dans le testament d'Edmond pour discuter du premier Prix Goncourt et élire les deux membres afin que l'Académie soit au complet.
Le romancier rappelle aussi sa défiance par rapport aux institutions même s'il souhaite accomplir avec soin les dernières volontés d'Edmond de Goncourt.